L'Eglise du Moyen-Age a forgé cette doctrine pour rassurer les fidèles qui vivaient dans l'angoisse de la mort. La séparation radicale, mais biblique, entre ce que l'Ecriture appelle d'un côté le Paradis, dans lequel se retrouveront les élus, et de l'autre côté l'Enfer, dans lequel se retrouveront les damnés, est perturbante pour la foi chrétienne.
Au Moyen-Age, la mort rôdait partout et constamment, et pouvait surprendre n'importe qui n'importe quand. De plus, les fidèles vivant dans un contexte de guerre permanente étaient conscients de leur manque de sanctification. L'Eglise se chargea de faire baisser cette tension spirituelle qui dominait tout un chacun en imaginant un lieu où se retrouveraient tous ceux qui, sans être destinés à la perdition, n'avaient pas eu le temps de se sanctifier suffisamment pour être sûr d'aller au Paradis. Ce lieu intermédiaire fut appelé le Purgatoire.
La doctrine du Purgatoire s'inscrit bien dans la théologie du Moyen-Age et dans la théologie catholique romaine qui naîtra du Concile de Trente (1545-1564) : chaque fois que le fidèle prend un sacrement, une portion de grâce de Dieu lui est infusé et lui permet d'accomplir des oeuvres méritoires, qui vont lui permettre de gagner son salut pas à pas. S'il n'a pas le temps d'accomplir suffisamment d'oeuvres avant sa mort, il se retrouve au Purgatoire pour le temps nécessaire à l'achèvement de sa purification. Quand celle-ci est atteinte, il est transféré au Paradis.
La porte est ainsi ouverte à la distribution, puis à la vente fructueuse des Indulgences pontificales, qui pourront réduire le temps passé dans le Purgatoire. Cette doctrine pourrait être appelée la doctrine de la seconde chance. Elle est, aux yeux des théologiens protestants, totalement anti-biblique puisqu'elle annule "l'efficacité" du sacrifice du Christ.